本校於日本時代以前隸屬馬烈巴(力行)蕃童教育所紅香教練場；民國35年至民國42年為力行國校紅香分班；民國42年至民國52年5月屬發祥國校紅葉分校；民國52年6月獨立改稱南投縣紅葉國校；民國57年實施國民義務教育改名為南投縣仁愛鄉紅葉國民小學。

  由翁文明先生接掌視事(第一任校長)本校學區屬原住民泰雅族的部落，共分梅村、溫泉、紅香及慈峰等部落，因慈峰距離本校約10公里，遂於民國53年6月設分班於慈峰部落，初期只招收兩班，採複式教學。現今慈峰分校因招生不足問題而暫停。

日本時代～民國42年  力行教育所紅香教練場

民國42年～民國52年   發祥國校紅葉分校

民國52年             獨立設紅葉國校

民國53年             設梅林分班於慈峰

民國54年             新教室完成(木頭房，4間教室)

民國57年             九年義務教育實施改名為南投縣仁愛鄉紅葉國民小學

民國60年             與社區合作完成本村第一座水泥地面標準籃球場

民國65年             RC構造教室完成啟用(6間教室)

民國67年             教師宿舍完成啟用

民國72年             開始供應學生營養午餐

民國73年             教室加蓋完成啟用(2間教室)

民國75年             營養午餐廚房完成啟用

民國82年             教室加蓋完成啟用(2間教室)

民國88年9月21日      921大地震學校教室半倒

民國88年11月         國軍拆除半倒教室

民國88年12月         簡易教室完成啟用

民國89年4月          校園重建發包開工

民國90年5月9日       新校園落成啟用

民國92年6月          新校園二期工程完工

民國102年8月         校園重新粉刷完工